Sultan Çelebi Mehmet, biraderi Musa Çelebi'yi bertaraf ederek hükümdar olunca Şeyh Bedreddin'i kazaskerlikten azletti. İlim ve faziletine hürmet göstererek iki oğlu ve kızıyla birlikte İznik'te ikamete mecbur etti ve kendisine bin akçe maaş bağlattı.

    Şeyh Bedreddin ise siyasi ihtirasları sebebiyle bir türlü bu durumu kabullenemedi.  İznik'te bir taraftan eser telif ederken diğer taraftan kendisini ziyarete gelenlerle görüşüyor ve onları tam bir propagandist olarak memleketlerine yolluyordu. Kısa zamanda çevresinde geniş bir mürit ve sempatizan çevresi oluşturmayı başarmıştı.

    Vaziyetin istediği kıvama geldiğini gören Şeyh Bedreddin çocuklarını İznik'te bırakarak hacca gitmek bahanesiyle Kastamonu'ya geldi. Ancak İsfendiyar Bey'den gerekli desteği bulamadı. Bu durumda Sinop'tan bir gemi ile Rumeli'ye geçti. Sırasıyla Kefe, Zağra, Silistre ve Dobruca'yı geçip şii-batıni kimselerle meskun olan Deliorman'a yerleşti. Süratle her tarafa adamlar göndererek propoganda alanını genişletti. Tarafları süratle artıyordu.

    Bedreddin, Anadolu ve Rumeli'de yıllarca süren iç mücadelelerden yeni kurtulmuş olan Osmanlı Devleti'ni gafil avlayarak, şeyhlikten şahlığa geçmek istiyordu. Hangi din ve mezhepten olursa olsun herkesi cemiyetine davet ediyordu. İzmir körfezinin güney ucunda ve Sakız adası karşısındaki Karaburun'da mevzilenen Börklüce Mustafa çevresine on bine yakın müridi toplayınca, ilk isyan hareketini başlattı.

    Sultan Çelebi Mehmed, Börklüce Mustafa'nın üzerine Bulgar kralı Şişman'ın Müslüman olan oğlu ve İzmir sancakbeyisi Aleksandır'ı gönderdi. Ancak Börklüce Mustafa, Karaburun geçitlerinde verdiği baskınlarla Aleksandır ile adamlarının büyük bölümünü katletti İş tehlikeli ve ciddi bir maceraya doğru sürükleniyordu. 

    Bu defa Saruhan sancakbeyisi Timurtaş zâde Ali bey, kuvvetleriyle harekete geçti. Ancak Börklüce Mustafa'nın yanındakiler kendisine ölümüne bağlı ve sadıktılar. Ali bey yapılan saldırılardan bir kaç adamı ile zor kurtuldu. Börklüce'nin başarıları Torlak Kemal ve Şeyh Bedreddin'in de faaliyetlerini artırmaları Çelebi

Mehmet'i büyük bir sıkıntıya soktu. 

    Diğer taraftan kardeşi Mustafa Çelebi (Düzmece Mustafa) de hükümdarlık iddiasıyla ortaya çıkarak Teselya ve Selanik taraflarında harekete geçti. Bu itibarla padişah, vezir-i azam Bayezid Paşa ile henüz on iki yaşındaki oğlu Murad'ı Börklüce isyanını bastırmağa memur etti.

    Osmanlı kuvvetleri evvela yollardaki büyük küçük asi gurupları temizlediler. Böylece evvelkiler gibi iki ateş arasında kalmamış oluyorlardı. Nihayet Börklüce kuvvetlerini Karaburun eteğindeki dağda büyük bir bozguna uğrattılar. Ancak Osmanlılar da epeyce kuvvet kaybetmişlerdi. Bayezid Paşa, Börklüce ile birlikte yakalananları Ayasluğ'a getirdi. Sorgulama sonunda isyanın başının Şeyh Bedreddin olduğu ortaya çıktı. 

    Asiler idam edilirken Yetiş Dede Sultan diye bağırıyorlardı. Börklüce de elleri bir tahtaya çivilenmiş olduğu halde şehirde gezdirildikten idam edildi. Nitekim taraftarları onun ölümsüzlüğüne inanıyorlardı. Şehzâde Murad ile Beyazıt Paşa, Börklüce de isyanını etkisiz hale getirdikten sonra Torlak Kemal'in üzerine gittiler. 

    Etrafına üç bin kadar isyancı toplanmış olan Torlak Kemal kısa sürede bozguna uğratıldı. Asiler yakalanarak öldürüldü. Böylece Anadolu'da başlamış olan ilk şii-batıni isyanları bastırılmış oldu. Bu isyanların asıl mümessili Şeyh Bedreddin ise Rumeli'de ki işlerine devam etmekteydi. Ancak Anadolu'da isyanların bastırılması taraftarlarının moralini iyice bozmuş bulunuyordu.

    Çelebi Mehmed Selanik ve Teselya civarında yeni bir isyan hareketi başlatan biraderi Mustafa (Düzmece) üzerine giderken Bayezid Paşa'yı bu kez Bedreddin'in üzerine sevketti. Osmanlı kuvvetlerinin gelişi üzerine Şeyhin yanındakilerin büyük kısmı kaçtılar. Dolayısıyla Bayezid Paşa küçük bir çarpışmadan sonra Bedreddin'i yakaladı ve padişah'ın bulunduğu Serez'e gönderdi.

    Çelebi Mehmed Han Şeyh Bedreddin meselesinde Osmanlı adaletini ve hukuk yapısını gösteren örnek bir davranış daha sergiledi. Devletin sosyal yapısını bozacak fikirler ortaya atan tahrik ve teşvikleriyle büyük bir isyana sebebiyet veren binlerce insanın ölümüne yolaçan Şeyh Bedreddin'i alimlere havale etti.

    Bir rivayete göre Şeyh Bedreddin böyle bir suçu işleyenin cezasının idam olacağını bizzat kendisi de ifade etmiştir. Karar üzerine Serez pazarında idam olunan Bedreddin'in malları varislerine dağıtıldı (1420).

Böylece Şeyh Bedreddin gailesi tümüyle ortadan kalkmış oluyordu.

    Şeyh Bedreddin Mahmud, din ve fen ilimlerine vukufiyeti, Camiü'l - Fusuleyn ve letaifü'l -İşarat gibi fevkalede muteber tutulan eserleri dolayısıyla alimler arasında müstesna bir mevkii işgal etmiştir. Ancak o batıni fikirlere yer verdiği tasavvuf sahasındaki Varidat isimli eseri dolayısıyla büyük mutasavvıfların tepkisini çekmiş ve tenkitlere hedef olmuştur. Onun bu nevi görüşleri arasında:

    Cennet ve cehennem umumun zannettiği gibi olmayıp dünyadaki iyilik ve kötülüklerin ruhlardaki acı ve tatlı tezahürleridir. Bu alem sonradan yaratılmış olmayıp kadimdir. Öldükten sonra yeniden dirilme vaki olmayacaktır. Dolayısıyla bedenlerin haşri mümkün değildir. Melek ve şeytan birer varlık olmayıp iyilik ve fenalık kuvvetleridir. İşte Ehli sünnet akîdesine uygun olmayan bu şekildeki tevil ve yorumları Bedreddin'in tenkit edilmesine yolaçmıştır.

    Büyük mutasavvıf Aziz Mahmud Hüdayi Sultan I. Ahmed Han'a yazdığı tezkiresinde ondan, asılmış ve Allah'ın gazabına uğramış bulunan Şeyh Bedreddin, diye söz ederken; Alim ve tarihçi İdris-i Bitlisi ise Heşt Behişt adlı eserinde; Şeyh Bedreddin, dünya zevklerinden kaçan ve mücahede ile günlerini geçiren muhterem bir kimse iken ilim ve ibadeti iblisin taati gibi bencillik ve böbürlenmesine sebep olmuştur. 

    Bu ise onun kamil bir mürşidden feyiz almamış olmasından kaynaklanmıştır, demektedir. Öte yandan Şeyh Bedreddin'in eserlerinde bir fikir olarak rastlanmadığı halde müridlerinden Börklüce Mustafa ile Torlak Kemal'in bazı uygulamaları da şeyhin eleştirilmesine yolaçmıştır.

Zira saltanat kurmak için meydana çıkanlar veya muvaffak olanlar devrin şartlarına uygun olarak, bu hareketlerini meşru göstermek için kendilerini eski hükümdar sülalelerinden birine mensup gösterirlerdi. Hatta bunu ispat için uydurma silsilenâmeler tertip ettirenler de pek çoktur.